Trong khuôn khổ hoạt động của Dự án Nâng cấp Trường Đại học Cần Thơ, Hợp phần thực hiện các Dự án Nghiên cứu sẽ triển khai thực hiện 36 chương trình nghiên cứu khoa học, tập trung vào 3 lĩnh vực Nông nghiệp, Thủy sản và Môi trường và các lĩnh vực có liên quan. Theo kế hoạch, các chương trình nghiên cứu này được triển khai từ năm 2017 đến năm 2021 và được chia thành 3 đợt - đợt khởi động (kick-off) gồm 6 chương trình, đợt 1 (1^st batch) gồm 16 chương trình và đợt  2 (2^nd batch) gồm 14 chương trình.

Quá trình tuyển chọn được thực hiện theo quy trình đã được thống nhất giữa JICA, các Trường Đại học đối tác Nhật Bản và Trường Đại học Cần Thơ, dựa trên các quy định hiện hành của Việt Nam. Qua đó, 14 trong tổng số 16 chương trình nghiên cứu  năm 2018 (đợt 1) đã được tuyển chọn để thực trong 3 năm (từ tháng 01/2018 đến tháng 12/2020).

Vào ngày 31 tháng 01 năm 2018, Ban Quản lý Dự án Nâng cấp Trường Đại học Cần Thơ đã tổ chức Lễ ký hợp đồng với chủ nhiệm 14 chương trình nghiên cứu đợt 1, với sự tham gia của PGS.TS. Trần Trung Tính - Phó Hiệu trưởng, Giám đốc Ban Quản lý Dự án, GS.TS. Tetsu Ando - Cố vấn trưởng Dự án, Đại diện Ban Quản lý Dự án, Ban Điều phối Dự án, Lãnh đạo các Đơn vị có liên quan và các Chủ nhiệm và thành viên của 14 chương trình nghiên cứu.

Danh sách các chương trình nghiên cứu năm 2018 (đợt 1) bao gồm: 

• Thu thập, đánh giá và phát triển các giống vật nuôi bản địa (Collection, evaluation and development of native animal breeds) do PGS.TS. Đỗ Võ Anh Khoa làm chủ nhiệm.
• Phát triển kỹ thuật quản lý cây trồng tổng hợp (ICP) để cải thiện chất lượng sản phẩm và khả năng thích ứng với biến đổi khí hậu (ưu tiên cây lúa, đậu nành, bắp) (Developing integrated crop management (ICM) for improvement of product quality and adaptation to climate changes) do PGS.TS. Lê Vĩnh Thúc làm chủ nhiệm.
• Nghiên cứu sử dụng đất bền vững (Studies on sustainable soil uses) do PGS.TS. Châu Minh Khôi làm chủ nhiệm.
• Ứng dụng kỹ thuật phân tử phát hiện và nhận biết các tác nhân gây bệnh trên động vật ở ĐBSCL (Molecular studies for detection and identification of animal diseases in MDR) do PGS.TS. Nguyễn Trọng Ngữ làm chủ nhiệm.
• Nghiên cứu và phát triển kỹ thuật sau thu hoạch cho những sản phẩm có nguồn gốc từ cây lúa, cây trồng và nông sản khác ở ĐBSCL (Studies and development of post-harvest technologies for rice, plant and crop based-food products in MDR) do PGS.TS. Lý Nguyễn Bình làm chủ nhiệm.
• Phát triển thực phẩm giá trị gia tăng từ sản phẩm nông nghiệp và phụ phẩm nông nghiệp ở ĐBSCL (Development of value added food products from agricultural products and by-products in MDR) do PGS.TS. Nguyễn Công Hà làm chủ nhiệm.
• Nghiên cứu những tác nhân gây bệnh trong thực phẩm và vi khuẩn kháng thuốc (Studies on food pathogens and antibiotics resistant bacteria) do TS. Tống Thị Ánh Ngọc
• Phát triển công nghệ xanh trong nuôi trồng thủy sản (Green technology innovation for aquaculture) do PGS.TS. Trần Ngọc Hải làm chủ nhiệm.
• Cải tiến chất lượng sản phẩm khai thác và nuôi trồng (Quality improvement of fisheries/aquaculture products) do TS. Lê Thị Minh Thủy làm chủ nhiệm.
• Nghiên cứu ứng dụng hóa sinh và hóa - dược trong nuôi trồng thủy sản (Biochemistry and pharmaceutical science in aquaculture and fisheries) do PGS.TS. Trần Thị Tuyết Hoa làm chủ nhiệm.
• Giám sát nguồn tài nguyên nước và đất (Water & land resources monitoring) do PGS.TS. Võ Quang Minh làm chủ nhiệm.
• Phân tích và mô hình hóa nguồn tài nguyên nước và đất (Analyzing & modelling water & land resources) do PGS.TS. Văn Phạm Đăng Trí làm chủ nhiệm.
• Đánh giá những thay đổi của biến đổi nông nghiệp - sinh thái bởi sự đe dọa của phát triển tại chỗ và biến đổi khí hậu (Evaluating changes of the agro-ecological changes under great threats of the in-situ development and climate change) do TS. Trần Sỹ Nam làm chủ nhiệm.
• Phân tích hiệu quả kinh tế của việc sử dụng tài nguyên thiên nhiên và các vấn đề về sử dụng và quản lý tài nguyên thiên nhiên (Analysis of economic efficiency of natural resource uses and problems in natural resource uses and management) do TS. Huỳnh Việt Khải làm chủ nhiệm.

Một số hình ảnh tại Lễ ký hợp đồng